ნიშნებისა და მათ განმსაზღვრელ გენებს შორის ურთიერთდამოკიდებულება ძალზე რთული და მრავალფეროვანია.თუ ნიშნის ჩამოყალიბებაში რამდენიმე გენი მონაწილეობს,ისინი თანამოქმედებენ. ზოგჯერ ერთსა და იმავე გენს შეუძლია გავლენა მოახდინოს რამდენიმე ნიშნის განვითარებასა და ჩამოყალიბებაზე. დადგენილია საპირისპირო მოვლენაც-ნიშნის ჩამოყალიბება მრავალი გენის ურთიერთქმედებით ხორციელდება.
გამოვლენილია არაალელურ გენთა ურთიერთქმედების რამდენიმე ტიპი: კომპლემენტური, ეპისტაზური და პოლიმერული.
